La historia se desarrolla en Japón en vías de occidentalización, donde los seres humanos y espíritus conviven. Para mantener la armonía entre los dos, se crea el Ministerio de Asuntos Espirituales, el cual se establece a representantes tanto humanos y espíritus. Los tenientes Kei Agemaki, Yoshinokazura Riken, y Hanakiri Ganryu son elegidos para ser los representantes humanos y a Zakuro, Suzuskihotaru y las gemelas Bonbori y Hozuki, como representantes de los espíritus. Sin embargo, Zakuro no puede soportar a los seres humanos que aceptan las prácticas de los jesuitas con tanta facilidad y Agemaki tiene un temor grave a los espíritus.