En las ruinas de la ciudad de los muertos, vive un niño humano llamado Will. Es criado por tres muertos vivientes: Blood, Mary y Gus. Un día, el niño empieza a preguntarse "¿Quién soy yo?"....

La aventura comienza con el nacimiento del Pokémon más poderoso del mundo, creado por ingeniería genética utilizando el ADN del legendario Pókemon Mew. Determinado a probar su superioridad, Mewtw...